可以。

一个公司可以在两个不同的会计软件建两个账套，因为不同的会计软件有不同的特点，可以根据公司的需要选择适合自己的软件来管理财务，而且建立两个账套可以更好地对财务进行管理和控制。

建立两个账套需要注意的是账目的一致性和数据的同步性，避免出现数据不一致的情况。

此外，还需要考虑到软件的使用成本和员工的培训成本，选择合适的软件并进行适当的培训可以提高效率并降低成本。

同时，公司还需要遵循相关财务法律法规，合理使用会计软件，并定期进行审计和核查。