公安机关查扣假币鉴定后，应该依据相关法律法规进行处理。

一般情况下，假币的处理方式有以下几种：

1. 销毁：

将假币进行销毁处理，防止流入市场，保护人民币的货币地位和信誉。

2. 没收：

将假币进行没收处理，同时对制造、贩卖假币的犯罪嫌疑人进行追究刑事责任。

3. 退还：

如果假币是由于误认而被查扣，可以将假币退还给当事人。

对于假币的处理，需要遵循以下步骤：

1. 鉴定：

公安机关应该将查扣的假币进行鉴定，确认其真伪。

2. 记录：

对于鉴定为假币的，应该进行详细记录，包括数量、面额、来源等信息。

3. 处理：

根据假币的情况，选择合适的处理方式。

4. 报告：

将假币的处理情况进行报告，上报相关部门。

总之，公安机关查扣假币后，应该依据相关法律法规进行处理，保护人民币的货币地位和信誉。