机动车停在公交车站不会扣分，但是会根据停车的情况进行口头警告，令其立即驶离、罚款或拖车等处罚。

机动车停在公交车站的处罚：

1、对违反道路交通安全法机动车停放规定的，如果驾驶人在场，交警可以指出违法行为，并予以口头警告，令驾驶人立即驶离。一般驾驶人只要快速驶离即可，没有罚款的处罚；

2、如果驾驶人拒绝驶离，驾驶的车辆妨碍其他车辆、行人通行的，交警会处以二十元以上二百元以下罚款；

3、如果驾驶人不在场，除了进行贴罚单之外，如果停放的车辆妨碍其他车辆、行人通行了，交警部门有权将该机动车拖移至不妨碍交通的地点或者公安机关交通管理部门指定的地点停放