按照突出重点、明确标准、分类处置的要求，在对合作社发展情况摸底排查基础上，重点对被列入国家企业信用信息公示系统经营异常名录、在抽查抽检中发现异常情形、群众反映和举报存在其他问题的合作社，核查具体情况，进行分类清理整顿，清理整顿的问题主要包括以下六类：
1.无农民成员实际参与。
2.无实质性生产经营活动。
3.因经营不善停止运行。
4.涉嫌以合作社名义骗取套取国家财政奖补和项目扶持资金。
5.群众举报的违法违规线索。
6.从事非法金融活动，如变相高息揽储、高利放贷和冒用银行名义运营等。
1、摸底排查
在全国范围内开展摸底排查，摸清底数、掌握实情。市场监管部门将被列入经营异常名录、抽查抽检存在异常情形的合作社名单，共享给同级农业农村、水利、税务、林草、供销等部门和单位。税务部门负责整理提供合作社税务登记情况。农业农村部对合作社发展情况和群众举报的合作社违法违规线索进行摸底排查。
2、精准甄别
通过现场查看合作社经营场所、生产基础、管理制度、财务会计账目等，结合实地问询合作社交易相对人、成员、村委会等，对合作社经营状况作出准确判断。对摸底排查发现问题的合作社，逐一建立问题台账，为清理整顿提供依据。
3、分类处置
根据排查结果，对存在问题的合作社区分类型，依法依规进行清理。
1、对无农民成员实际参与、无实质性生产经营活动、因经营不善停止运行的合作社，引导其自愿注销；
2、对领取营业执照后未开展经营活动、申请注销登记前未发生债权债务或已将债权债务清算完结的合作社，可采用简易注销方式办理注销；
3、对有生产经营活动、运行管理不规范的合作社，通过开展有针对性的法律政策宣传，指导其对照法律法规，完善管理制度，规范办社；
4、对发展遇到困难的合作社，及时跟踪帮扶；
5、对缺乏合作社组织特征，但符合其他市场主体设立条件的，可引导其自愿设立、依法登记，并从政策咨询、经营方式等方面做好指导服务。
4、严格依法惩处
在清理整顿工作过程中，发现涉嫌骗取套取涉农资金补助或中央预算内投资支持项目的，移交财政部门依法查处或由发展改革部门会同有关业务主管部门负责查处。发现涉嫌从事非法金融活动的，由地方金融工作部门会同银保监部门等负责查处工作。
5、建立长效机制
以专项工作为契机，强化合作社规范发展长效措施，综合运用“双随机、一公开”监管、信息公示等手段，开展合作社运行情况动态监测。加强基层合作社辅导员队伍建设，提供合作社设立辅导和跟踪指导服务。加强合作社登记管理，依法规范登记注册，从源头上把好质量关。探索简化合作社注销登记程序，畅通合作社退出渠道。