1.临床医学：包括定向、及全科医学方向。
2.麻醉学。
3.医学影像学。
4.口腔医学。
5.儿科学。
6.精神医学。
7.预防医学。
8.法医学。
9.医学检验技术。
10.生物技术。
11.药学。
12.中药学。
13.制药工程。
14.医学影像技术。
15.生物医学工程。
16.物联网工程。
17.生物信息学。
18.智能医学工程。
19.康复物理治疗。
20.康复治疗学。
21.假肢矫形工程。
此外，赣南医科大学还设有硕士专业学位授权点，如临床医学、护理、公共卫生、应用心理、医学技术、生物与医药等。