昌吉州最大的县是昌吉市。

昌吉市是昌吉州的政治、经济、文化和交通中心，是全州最大的城市。截至2020年，昌吉市总人口为62.1万人，是昌吉州人口最多的县级行政区。昌吉市是新疆维吾尔自治区的历史文化名城，拥有众多的历史文化遗迹和旅游景点，如巩留县博物馆、五龙口文化遗址、红山古墓群等。