会罚款。

因为高速服务区的主要服务对象是长时间驾驶的司机，如果超过12小时停留，就会占用过多的资源并严重影响其他司机的用餐、休息等服务。

所以高速服务区管理部门规定超过12小时停留会被罚款。

同时，不同高速服务区的具体规定可能有所不同，因此在使用高速服务区时最好查看相关规定，以免违规受罚款。