苹果树干里的虫子，可以使用多种药物进行防治。具体来说，针对不同的害虫，需要选择不同的药物和防治方法。

对于天牛幼虫，可以在四月中旬至五月上旬，在被害部位涂抹50%敌敌畏5倍液，或者成虫发生盛期喷布50%敌敌畏1000倍液。另外，可以用细铁丝插进枝干的虫孔，刺死幼虫；或者将5～10倍的敌敌畏或毒死蜱用注射器将药液蛀入孔门，再用泥堵严孔口，将躲在树干内的害虫毒死。有果农发现，给蛀孔注入适量的汽油，也可有效杀死天牛幼虫。

对于苹果小吉丁虫，可以及时清除枯枝死树，剪除虫梢，成虫发生期在田间捕杀成虫。也可以刮树皮，挖出幼虫，或用铁丝钩杀幼虫，随时剪除被害枝条，杀死枝条内的幼虫。此外，还可以用棉花和碎布蘸48%毒死蜱乳油或80%敌敌畏乳油30倍液塞入虫道内，封严洞口，杀死幼虫。成虫发生期树冠可以喷布48%毒死蜱乳油1200～1500倍液，或50%马拉硫磷乳油1200～1500倍液，或50%杀螟硫磷乳油800～1000倍液，或5%高效氯氟氰菊酯乳油2500～3000倍液。

对于蛀干害虫的防治，还可以结合农业防治和化学防治。农业防治方面，需要保持果园清洁，及时清理地下落果和残枝落叶，并在冬春季用泥土填树洞、刮树干翘皮，烧毁草环和翘皮，以清除虫源。化学防治方面，可以在幼虫孵化盛期、成虫发生期或卵盛期使用相关药物进行喷雾防治。

总的来说，防治苹果树干里的虫子需要综合考虑多种因素，包括害虫种类、发生特点和环境条件等，选择合适的药物和防治方法，才能取得良好的效果。同时，也需要注意药物的使用量和安全间隔期，避免对果树和环境造成不良影响。