如果车辆在抵押期间被水淹，责任应由车主和抵押公司共同承担。车主应该负责保管好车辆，避免发生意外情况，并按时还清抵押贷款。

抵押公司应该审慎评估车辆的价值和风险，确保抵押贷款的安全性。

如果车辆被水淹，车主应该及时联系保险公司进行理赔，同时向抵押公司报告情况，协商解决方案。

抵押公司可以根据合同条款和实际情况，决定是否解除抵押合同，收回车辆，并追究车主的违约责任。