论文查重并不仅仅是检查绿色部分，而是检查整篇论文存在的相似度，其中绿色部分只是高亮显示的部分。查重结果是根据比对算法生成的，会给出相似度的百分比或者重复率的数值，根据该数值来判断论文是否存在抄袭等问题。因此，合格的论文需要确保论文整体的相似度控制在一定范围内，而不是仅仅关注绿色部分。