用人单位可以通过登录社会保险网站或前往社保服务窗口进行修改停保原因。在修改停保原因时，需要提供相关的证明材料和申请表格，并进行审核。如果修改成功，停保原因将被更新为新的原因，保障期间也会重新计算。重要的是，用人单位需要及时修改停保原因，以确保员工的社保权益得到保障。