首先，在重新做系统前需要备份好商标局数字证书的相关文件，以便在系统重装后能够进行重新安装。

然后，可以通过官网下载最新版的证书安装程序，并按照提示进行安装操作。在安装过程中需要输入旧版本证书的密码，以确认权威性和合法性。

安装完成后，可以在系统设置中重新注册商标局数字证书，以确保在电子文件传输等方面的安全性和效率性。