晋江磁灶印刷基地的红绿灯是否会扣分需要根据交通规则来判断。如果行车过程中，遵守红绿灯规定，按照信号灯指示行驶，不强行闯红灯或者擅自穿越人行横道，那么是不会有扣分的情况发生的。但是如果违反交规，闯红灯或者占用人行道，会被记3分罚款200元，严重的情况可能会给予吊销驾照等惩罚。因此，驾驶员在行车过程中应当严格按照交通规则行驶，特别是遇到红绿灯时，应当根据信号灯指示进行行驶，以确保自己的安全和交通秩序的顺畅。