克隆羊多莉只活了六年的原因是多方面的。首先，多莉是一只克隆羊，其身体结构和基因序列与普通羊存在一定的差异，这使得她的身体容易出现各种健康问题。

其次，多莉在生产过程中受到了许多人工干预，包括胚胎移植、代孕母羊等方面的操作，这些操作可能对她的身体造成了影响。此外，多莉的生活环境和营养条件也可能对她的寿命产生了一定的影响。综上所述，克隆羊多莉只活了六年主要是由于身体差异、人工干预、生活环境和营养条件等多种因素的综合作用。