《明末风云》邓超版大结局剧情紧凑且扣人心弦。多尔衮为巩固自己的地位，要求审查真假太子。吴三桂为保太子，与陈圆圆商议后故意将太子说成假的，但太子仍被多尔衮杀害。

随后，吴三桂和陈圆圆试图保住永王，也被多尔衮识破。多尔衮包围吴府，吴三桂在惶恐中亲手杀死永王。

陈圆圆对吴三桂彻底绝望，悄然离去。

庄妃为保住福临皇位，答应下嫁多尔衮，两人共同入主皇宫，结束了一段风云变幻的历史篇章。