控制水泵基座焊接变形的方法有很多，以下是一些常见的方法：

合理安排焊接顺序：在焊接过程中，合理的焊接顺序可以有效地控制变形。先焊接收缩量大的焊缝，并尽可能分散焊接热量，可以减小焊接变形。

刚性固定法：对于容易变形的结构件，可以采用刚性固定法。在焊接前，将结构件固定在刚性平台上或用夹具、支撑杆等固定，以增加结构的刚性，减小变形。

预热法：预热法是在焊接前对结构件进行加热，使其温度上升至一定值后再进行焊接。通过预热可以减小温差，从而减小焊接变形。

锤击法：在焊接后，对焊缝进行锤击，使其产生反向变形，从而抵消原有的变形。锤击时要选择适当的锤子和锤击速度，避免过度锤击导致焊缝开裂。

反变形法：根据结构件变形的规律和经验，预先估计出结构件的变形大小和方向，在装配时给予一个方向相反、大小相等的变形，使焊接后的变形与反变形相互抵消。

采用合适的焊接参数：选择合适的焊接电流、电压和焊接速度等参数，可以有效地减小焊接变形。

综上所述，控制水泵基座焊接变形的关键是选择合适的焊接顺序、预热、锤击和反变形等方法，以及采用合适的焊接参数。同时，还需要注意焊缝的质量和验收标准，确保焊接质量和安全。