翡翠镶嵌底座并非完全陷进去，而是留有部分凸出来的位置。这是因为翡翠坚硬且有较高价值，需要特殊的加工和保护。

在制作镶嵌底座时，工匠们会根据翡翠的形状和大小，留出一定空间让其凸出来，以便观赏和保护。这也是翡翠镶嵌饰品与普通珠宝的区别之一。同时，底座也要尽可能与翡翠贴合，确保坚固和美观。因此，翡翠镶嵌底座的凸出部分是经过精心设计和处理的，而非完全陷进去。