南京到郑州没有直飞的原因主要有两个：

一是市场需求不足，二是机场配套设施不完善。南京和郑州距离较近，当地居民出行以高铁、汽车为主，而不依赖航空交通；同时，南京和郑州的机场规模不大，国内航线较少，没有形成充分的航线网络，也造成了直飞航班的缺乏。

此外，南京和郑州的机场配套设施相对于其他大型城市机场还不够完善，缺乏直飞航班的必要条件。因此，南京到郑州的航线目前以中转为主。